例えば、「頻度を無視したキー配列」は作成可能なのだろうか。

　…具体的にどうするか？というあたりは全く思い浮かばないのですが、

極端に連なりやすい文字は同手同段打鍵で。
比較的連なりやすい文字は交互打鍵で。
比較的連なりにくい文字は同手打鍵で。
極端に連なりにくい文字は同手同指打鍵で。
全く連ならない文字は同キー打鍵に。
「です」「ます」などの場合は、「共通する文字＝表」「前の文字＝裏と逆に配置、それぞれ表キーの一つ外側」に配置する。
- 「 [中]ま ([薬]で) → [表]す → [中]、 ([薬]。) 」

というルールで、頻度の率は見ずに頻度の差だけで配列を組むことは可能だろうか？とか思ってみたり。

　例えば、

「、。」は同手同指打鍵で。
「ょゅゃ」は同手同指打鍵で(これはmikadoさん案から拝借しました)。
- 「ゃう」は少ないので、段越えしても大丈夫。
- 「ゅっ」少ないので、段越えしても大丈夫(嘘付け…)。
「つ・く」「ち・き」は右手シフトの裏か逆にまとめる(M式の仕掛けから)。
- となると、「っ」も近くにまとめないとダメだな…。
「、。」の次に来やすい文字はなるべく上段。

とか。
　実際に(かつ適当に)割り当てると…

表面右手指割:伸人中薬子伸　※けもまなかい「っ」てたときくかちこぱ
表面右手上段:■しいっゃ■　※りきぎちじし「ゃ」くんっしなのるには
表面右手中段:■ん★☆ょ■　※ひちきじりし「ょ」うくんっりしどよき
表面右手下段:■うがすゅ■　※びちきじしに「ゅ」うんつーくあれめか

中面右手指割:伸人中薬子伸
中面右手上段:■かとな！■
中面右手中段:■りちつる■
中面右手下段:■よ、■で■

薬面右手指割:伸人中薬子伸
薬面右手上段:■となね？■
薬面右手中段:■にきくが■
薬面右手下段:■の。■ま■

　…こんな感じなのかも。
　ううっ、全く綺麗じゃないですな…orz
　(注:ここで手詰まり。というか、この時点でもう既に何かが間違っている気が)